Tour à tour directeur des Archives nationales, professeur à la Sorbonne, président de la Bibliothèque nationale de France, responsable de la Revue historique, animateur de l’émission « Question pour l’histoire » sur France Inter et auteur d’une bibliographie médiéviste considérable, Jean Favier a présidé à trois reprises les fêtes Jeanne d’Arc en 1991, 2005 et 2011.
Il avait notamment souligné : « Alors que la France ne commémore ni la mort dramatique de Vercingétorix ni celle de Henri IV, le bûcher de Rouen est inscrit au calendrier de l’Eglise comme il est à celui de la République ».
Tout comme François Hollande a salué « l’un des plus grands historiens du Moyen Age qui fut aussi un grand serviteur de l’Etat », Yvon Robert rappelle l’importance de l’héritage laissé par Jean Favier : « Cet homme de passion, qui n’a jamais cessé de chercher, de transmettre, nous a démontré que connaître et surtout comprendre notre passé étaient le meilleur des chemins pour construire harmonieusement notre futur. »
Il est d’abord conservateur aux Archives nationales de 1958 à 1961 avant d’être nommé professeur au lycée d’Orléans pour l’année 1961-1962. Il obtient cependant rapidement un poste d’attaché de recherche au CNRS, qu’il occupe de 1962 à 1964.
Il commence alors une carrière d’universitaire comme maître de conférences à l’université de Rennes (1964-1966), comme professeur à l’université de Rouen (1966-1969), puis à Paris, comme directeur d’études à l’École pratique des hautes études (1965-1997) et professeur à l’Université de Paris Sorbonne de 1969 à 1997.